«Скифскую историю» считают крупнейшим трудом одного из первых русских ученых историков. Это обобщающее исследование сложнейшей проблемы вековых взаимоотношений кочевых (неоседлые, неземледельческие народы Лызлов обобщенно назвал «скифами») и земледельческих народов Восточной и Юго-Восточной Европы. Лызлов изучил мир «скифов» со времен древних греков, в особенности остановившись на истории Золотой Орды, Казанского и Крымского ханств, наиболее подробно - на происхождении и состоянии Османской империи - главного бастиона «скифской» опасности, с разрушением которого ученый связывал упования на закономерное завершение тысячелетней «скифской истории».
Книга Лызлова раскрыла историческое значение борьбы Руси, славян, народов Восточной, Южной и Центральной Европы с кочевниками.